网络分析软件(Cytospace)

Cytoscape是一款生物信息分析软件，可以昂帮助您在分析生物数据的时候提供图形化的操作方式，该软件提供了六个图形数据作为案例，打开软件就可以看到模型图，点击图形可以将内置的数据显示，支持在案例中编辑新的数据列表，可以将数据通过网格的方式分析；本次提供的是Cytoscape(生物信息分析软件)3.6.1 官方版，此版本的 Cytoscape 基于新的3.x 体系结构、开发人员 API 和建立的用户控件集，如果你熟悉以前版本的 Cytoscape软件，那么使用新版会让您得到更多扩展方案，让您在熟悉的界面继续编辑数据！

【软件特征】

支持多种标准

Cytoscape支持很多标准的网络和注释文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 还支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以导入由其他应用程序或电子表格程序生成的数据文件，如表达谱或GO注释。使用该功能，您可以加载和保存节点、边和网络上的任意属性。例如，为您的蛋白质输入一组自定义注释术语，为您的蛋白质-蛋白质相互作用创建一组置信值。

公共数据库客户端

Cytoscape是作为一个网络服务客户端工作的，这意味着Cytoscape可以直接连接外部公共数据库，导入网络和注释数据。这意味着Cytoscape可以直接连接到外部公共数据库，并导入网络和注释数据。目前，我们支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我们还将继续为热门数据库开发新的服务客户端。

互操作性

由于Cytoscape支持导入/导出标准文件格式，你可以很容易地将Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一个由 igraph 或 Bioconductor 生成的网络数据，Cytoscape 可以将该文件以文本表的形式加载，并以 PSI-MI 格式导出，供其他生物信息学工具或你自己的应用程序/脚本使用。

从 3.3 版本开始，Cytoscape 支持 RESTful API 的编程访问。你可以使用你选择的编程语言来访问Cytoscape的核心功能，如创建网络，应用布局，或图像导出。

会话文件

你可以通过一键保存你的工作。所有的设置、数据文件和可视化都打包在一个会话文件中。它被称为Cytoscape会话（.cys）文件。Cytoscape 会话文件包括网络、属性(节点/边缘/网络)、桌面状态(选择/隐藏节点和边缘、窗口大小)、属性、一些插件状态和可视化风格。

布局

在二维空间布局网络。 有多种布局算法可供选择，包括循环、树形、力导向、边缘加权和yFiles有机布局。您也可以使用类似于其他图形应用程序用户界面的手动布局工具。

图像导出

您可以将网络导出为可发布的高质量图像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量图像（PDF和PS）可以通过其他应用程序（如Adobe Illustrator）进行修改，以进一步增强。

VizMapper

使用强大的VisualStyles自定义网络数据显示。在网络上查看基因表达比和p值的叠加。  表达数据可以根据用户配置的颜色和可视化方案，映射到节点颜色、标签、边界厚度或边界颜色等。

ɸѡ

过滤网络，以根据当前数据选择节点和/或相互作用的子集。 例如，用户可以根据基因表达数据加载的p值，选择参与交互的阈值数量的节点、共享特定GO注释的节点，或在一个或多个条件下基因表达水平发生显著变化的节点。您可以从过滤结果中创建新的网络。

检索

从搜索窗口搜索目标节点和边。Lucene语法支持任意复杂的查询。

浏览

放大/缩小和平移浏览网络。使用网络管理器可以轻松组织多个网络。而且这种结构可以保存在会话文件中。使用鸟瞰图轻松浏览大型网络。通过高效的渲染引擎轻松浏览大型网络（100,000+节点和边）。

查找模块/集群

寻找活跃的子网络/途径模块。根据基因表达数据对网络进行筛选，找出相互作用的连接集，即相互作用子网络，其基因表现出特别高的差异表达水平。 每个子网络中包含的相互作用为控制观察到的表达变化的调控和信号传导相互作用提供了假设。在任何加载到Cytoscape中的网络中找到簇（高度相互连接的区域）。根据网络的类型，簇的含义可能不同。例如，蛋白质-蛋白质相互作用网络中的簇已被证明是蛋白质复合物和途径的一部分。蛋白质相似性网络中的簇代表蛋白质家族。

应用管理器和应用商店

可用于网络和分子轮廓分析的App。Cytoscape是一个用Java编写的软件，你可以通过编写Java代码来编写自己的App进行数据分析、导入和可视化。更多的Apps可以在Cytoscape App Store中找到。你可以在App Manager中一键安装大部分Apps，或者直接从App Store中安装（这是Cytoscape 3的一个功能）。

【软件功能】

　　1、支持多种分析方式，可以选择分析网络。

　　2、支持分析节点的子集、批次分析、加载网络统计信息

　　3、绘制参数、从统计信息生成样式

　　4、使用可扩展对话框界面显示网络统计信息

　　5、在节点表中存储节点参数、在边缘表中存储边缘参数

　　6、明亮的颜色映射标准 ameters、暗色映射标准 ameters、中间颜色映射标准 ameters

　　7、NetworkAnalyzer、Cytoscape 网络浏览器

　　8、合并流程、作业状态监视器、命令行对话框、执行命令文件

　　9、选定的节点、带有选项的选定节点、命令行参数

　　10、Cytoscape 的快速游览、创建网络、嵌套网络

　　11、支持的网络文件格式、节点和边列数据

　　12、风格、应用程序管理器、命令工具、渲染引擎、导出数据

　　13、Cytoscape 和 OpenCL、Cytoscape.js 和Cytoscape 自动化

【软件特色】

　　Cytoscape使用可缩放的用户界面来导航和查看网络。ZUIs使用两种导航机制:缩放和平移。缩放根据用户想要看到的内容的多少或多少来增加或减少视图的放大

　　节点和边缘列数据

　　交互网络作为独立的模型是有用的。然而，当与其他信息结合在一起时，它们对于回答科学问题是最有效的。Cytoscape允许用户将任意节点、边缘和网络信息作为节点/边缘/网络数据列添加到Cytoscape中

　　Cytoscape功能不是固定的。它们可以通过应用程序扩展。它们可以以各种方式扩展细Cytoscape。一个应用程序可以从在线数据库导入数据。另一个应用程序可以提供一种分析网络的新方法。你可以在安装了Cytoscape之后安装应用程序。大多数应用程序都是像你这样的Cytoscape用户开发的。

　　如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道细Cytoscape应用程序被称为插件。从Cytoscape3.0开始，我们称之为应用。

【更新日志】

Cytoscape 3.8是Cytoscape桌面版，更新了用户界面和渲染引擎。

更快的渲染速度

提高了渲染性能，并优化了与大型网络的交互。Cytoscape现在为多达10,000个节点和3,000,000条边的网络提供了交互式用户体验。

新的面板选项

你的Cytoscape工作空间现在可以通过新的工作空间面板系统来定制你的可用屏幕空间。面板现在可以最小化，设置为浮动，或停靠在工作空间中。

自定义工具栏

您现在可以选择项目何时出现在工具栏中，减少杂乱无章的情况，并让您快速访问最常用的工具。

更新的分析器应用程序

网络分析器的核心应用程序已经重新设计。改进了用户界面，并增加了对Cytoscape自动化的支持，以便于从脚本和分析工作流中访问。

标签重新定位工具

现在可以在网络视图中快速直观地定位标签。

CyBrowser JavaFX更新

CyBrowser，Cytoscape 的网页浏览器，已经更新为使用 JavaFX 13。CyBrowser现在与现代网页和应用程序有更大的兼容性。

支持Java 11

Cytoscape与Java 11兼容，与最新的Java支持保持一致。Cytoscape 捆绑了一个 AdoptOpenjdk JVM。

CyNDEx-2更新

CyNDEx-2已更新为支持Swing用户界面，显著减少了启动时间并提高了稳定性。

CX支持更新

对CX数据交换格式的支持不断完善，促进了Cytoscape桌面和其他生态系统组件之间网络数据的可靠传输。