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aminoXpress是一款非常专业的生物化学方面的CAD应用软件,软件拥有良好的交互性,并提供了多个模块来帮助你解决一些相关难题,它甚至能够处理一些复杂、冗长的序列。
aminoXpress集成了生物化学家每天执行的常见功能。除了传统的序列输入协议之外,该程序还提供了一种新的通过构建模块和相应计数输入序列的协议。这为程序处理非常复杂、分支、循环和冗长的序列提供了可能性。该程序还通过其用户可定义的片段数据库将其适用范围扩展到普通有机化学。
1、用户界面该工具显示了完整的功能阵容,但是您可以尝试使用许多配置设置,因此您需要花费一些额外的时间才能了解其工作原理。您可以查看帮助手册,其中包含有关程序功能的详细信息。您可以遵循几个重要的步骤来处理数据:将序列加载到工作区中,研究单输入模块中的序列(例如分子量),在工作环境中切换加载的序列,以及分析多输入模块中的序列。2、可用于生物化学领域的分析模式aminoXpress使您可以输入要包含在优化程序中的那些残基的氨基酸分析结果,并选择首选方法(最小二乘,最小差异,差异/计数)。此外,您可以构建块组成并使用组合扫描或蒙特卡洛选择用于对数据进行排序的方法,提交蛋白质或肽段序列进行消化,启用元素分析并输入要分割的序列。该程序可帮助您计算一个文库的分子量,它们的分布及其随机部分的组合,自动找出那些常见的基序并按出现的频率对其进行排序,以及通过使用氨基酸,片段和元素来计算化合物的分子量。建筑模块。最后但并非最不重要的一点是,您可以将所有输入字段的氨基酸从一个字母代码自动切换为三个字母代码,管理存储在所有数据库中的信息(您可以添加,更改或删除所选数据库),备份数据库,并打印信息。3、底线总而言之,aminoXpress具有一些可用于生物化学领域的强大功能。不利的一面是,GUI无法描述为高度直观。
1.氨基酸分析:该模块计算氨基酸分析结果的最佳残基比。通过将水解过程中容易氧化的残留物输入“未优化残留物”部分,可以将对优化结果的影响降至最低。
2.复合构建模块组成:该模块基于构建模块(氨基酸、片段)拥有离散的重量值这一事实来识别意外产品的身份。扫描它们的组合后,偏差最小的更有可能是衍生产品。
3.消化模式:该模块通过用户定义的酶或化学模式预测消化产物。
元素分析:该模块计算序列中不同元素的理论百分比。通过进一步输入每个元素的实验百分比组成,可以识别其经验公式和/或其聚集体。
4.碎片化:该模块预测质谱中通过三种类型的键断裂产生的碎片:一氧化碳/一氧化碳、一氧化碳/碳氢化合物和碳氢化合物/碳氢化合物。生成的碎片可以直接导入到质量模块中,用于模拟质量分布模式。
5.螺旋轮/网:这个模块显示和操作螺旋结构的顺序轮/网显示。
6.同位素分布图:这个模块预测输入公式或序列的同位素分布图,以1到3的电荷变化的或模式
7.Lib组合库:本模块预测组合库(如肽库)的质谱,以1-3电荷的或模式进行。直到最后一步才进行质量舍入,以确保准确性。此外,该模块将其预测能力扩展到有机文库:随机变体可以是氨基酸、片段或两者兼有。结果还包括随机的截面残余组合
8.主题发现:该模块通过模式识别预测序列中潜在的药物活性位点。它有助于扫描预设模式或随机重复模式、潜在的药效团,以及展示相同生物活性的加载序列。
9.分子量:这个模块计算肽和蛋白质的分子量。输入可以通过常规的序列方案进行,也可以通过构建模块如氨基酸和片段进行。替代方案使模块能够计算复杂分子的分子量,例如具有保护基团的肽、肽模拟物、长分子和分支分子等。原子量的进一步使用通常扩展了模块计算任何化合物分子量的能力。
10.数据库数据库管理:这个辅助模块允许用户管理在这个程序中使用的所有数据库,如氨基酸数据库,片段附加数据库...等等。开放式设计允许用户根据他们的特定项目定制数据库。
11.序列序列加载器:这个辅助模块允许用户将序列加载并解析到相应模块的入口部分。专家系统自动识别诸如侧链、环状结构、假替换和附加加合物的属性。
1、双击“aminoXpressSetup.exe”出现协议,选择i accept
2、下一步选择对应的安装模式
3、然后点击install就会开始软件的安装了
4、稍等一会儿就会完成aminoXpress的安装了
5、接着将crack文件夹中的aminoXpress.exe替换到安装目录完成破解
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